営業部門は、営業業務部・広報・海外営業部・西日本営業部・東京支店・東海営業所から構成されています。
西日本営業部は、関西一円に加え、広島出張所を管轄。東京支店は、つくば営業所と仙台営業を管轄しています。
海外営業部は、台湾・韓国・中国の事務所を管轄し、グローバルな営業活動を行っています。
大手の電機メーカーや電子部品メーカー、大学や研究機関などに対し、情報提供や提案型セールスを行っています。

技術開発部門は、開発部と基盤技術研究所から構成されています。
開発部では、プロセス開発・新製品開発を行っています。また、基盤技術研究所がある第二研究棟や、英国ケンブリッジ大学内にあるサムコケンブリッジラボラトリーでは、次世代半導体材料として期待される強誘電体材料などの材料および結晶成長の装置化研究などを行っています。
さらに積極的に研究開発を進め、独創的な薄膜技術で世界の産業科学に貢献していきたいと願っています。

設計部門は、機械設計課と電気設計課から構成されています。
機械設計課では、機構の構想や機械設計・搬送系設計を担当。電気設計課では、装置の電気・電子回路の設計や制御システムのプログラミングを行ないます。高度なプロセス技術を実現可能なものにするため、日々、信頼性と性能の追求に取り組んでいます。

資材部門では、各装置の部材や部品を発注する購買業務と製作加工品を外注する製作加工業務を担当しています。適切な在庫の管理や、購入品・加工品の品質向上やコスト低減、また、海外での資材調達の実施など、幅広い業務に取り組んでいます。

製造部では、装置の組立・調整・検査・出荷を行ないます。製品完成度の向上と作業効率の改善などによる納期短縮に日々取り組んでいます。

製品サービス部門は、製品サービス部と品質保証部から構成されています。
製品サービス部は、装置の納品・立上と納品後のアフターサービスを担当。品質保証部は、出荷前のハード面・ソフト面の各種検査の実施とその管理を担当すると共に、取引先様からのトラブル等の窓口になっています。
お客様の視点に立った製品の提供で、常に顧客満足度の向上を目指しています。

生産技術部門は、生産技術部と生産機開発部から構成されています。 生産技術部では、製品の改良改善に日々取り組んでいます。生産機開発部では、国内市場だけではなく、今後更なる成長が期待されるアジア市場など海外でのニーズに応えるため、生産機装置の品質に加えコスト面を重視した製品の開発を行っています。

管理部門は、経理部・総務部・経営企画室から構成されています。
会社のヒト・モノ・カネ・情報の管理を担当しています。経理・財務・総務・人事の各業務のほか、経営計画の策定やＩＲ関連の対応など、幅の広い業務を行っています。

社長室は、他部門からの独立性を求められる内部監査・内部統制業務、専門知識を求められる法務・知的財産業務。その他特命事項など当社の根幹に関わる幅広い業務を担っております。

米国のシリコンバレーにあるオプトフィルムス研究所で研究・開発を行っています。
また、ノースカロライナにある事務所を拠点に、マーケティングやカスタマーサポートを行っています。